本发明提供了一种检测猪圆环病毒不同型别的三重荧光定量PCR引物组、试剂盒及应用,涉及生物检测技术领域。本发明根据Genbank中猪圆环病毒2型、猪圆环病毒3型和猪圆环病毒4型的保守序列合成引物和探针,同时还构建了试剂盒,并用于猪疫病检测。本发明利用建立的荧光定量PCR体系对来自浙江省内83份猪组织样品进行检测,结果显示所述引物组特异性良好,重复性和稳定性俱佳,并且具有较高的一致性,准确率较高。在本发明中,PCV2、PCV3最低检测值均为10拷贝/μl,而PCV4最低检测值为1拷贝/μl,克服了当前猪圆环病毒2型、猪圆环病毒3型和猪圆环病毒4三重PCR检测方法敏感性低,易污染实验室等缺点。