本发明公开了一种基于特征序列设计引物的方法,其步骤包括:将阳性序列和阴性序列进行整合;将阳性序列分割成适合进行比对的片段,并记录分割的位置;使用blast对阴性序列进行建库,然后将片段化的阳性序列比对到阴性序列进行筛选,得到一致性较低的特异性序列;使用primer3对特异性序列进行引物设计,得到上游引物、下游引物和探针的序列及位置;使用blast比对软件、阴性序列数据库、NCBI的nt数据库对得到的引物和探针进行再次筛选,并取引物和探针的交集;通过目录输出比对结果。并公开了基于特征序列设计引物的系统。本发明可以一步完成从基因组到目标序列和引物片段的引物设计。