本发明首次公开了核苷酸序列如SEQ ID NO.14所示的稻纵卷叶螟钙粘蛋白Cry毒素结合区编码基因,以及其氨基酸序列如SEQ ID NO.15所示的编码蛋白,该稻纵卷叶螟钙粘蛋白的毒素结合区CmCad-CR6-MPED与Cry1Ac毒素具有结合作用,可以应用于预测稻纵卷叶螟Cry毒素抗性,若待测稻纵卷叶螟的钙粘蛋白Cry毒素结合区基因核苷酸序列与SEQ ID NO.14不同,则说明该稻纵卷叶螟受体发生基因突变,结合能力降低,昆虫对Cry毒素产生了一定抗性;该编码蛋白还可以用于筛选针对稻纵卷叶螟的Bt蛋白,若待筛选的Bt蛋白与编码具有高度亲和力,则必然会插入入稻纵卷叶螟中肠BBMV上,使上皮细胞膜破裂,可以快速筛选或改造对稻纵卷叶螟具有高毒力的Bt毒素杀虫蛋白。