本发明公开了一种临床使用抗菌药物辅助决策支持系统,包括:用药目的选择子系统,用于选择治疗用药和预防用药;医生权限级别判断子系统,用于获取医生抗菌药物权限级别,并根据医生抗菌药物权限级别以及当前抗菌药物是否为特殊使用级的情况,判断医生能否开具当前抗菌药物;专家审批子系统,用于根据当前抗菌药物直接开具医嘱或填写抗菌药物审批单,专家根据当前抗菌药物的紧急使用的情况完成审批;医嘱有效期提醒子系统,用于根据医嘱的有效期限来提醒相应的医生和护士预停嘱或停止执行医嘱。本发明有效减少了数据流转过程所耗费的时间以及人力,有针对性地为医生提供了更加便捷的工作方式,有效提高医院工作效率。