本发明公开了一种级联医疗观测数据的因果推断方法及系统,以因果关系中的原因、级联结构中每个深度对应的中间变量以及因果关系中的结果为参数,建立改进后的级联非线性加性噪声模型,可以更好地匹配具有级联结构的医疗观测数据,提高识别级联医疗数据因果方向的精确度,同时,通过预置的对抗训练模型求解最大化的边缘对数似然函数对应的变分下界,利用对抗策略而非近似公式来绕开KL散度,能够允许加性噪声有更广泛的分布,从而提升模型的推断能力,与现有技术相比,能够很好地识别具有级联结构的医疗观测数据的因果方向,显著提高因果方向识别的精确度。