本发明涉及适用于质谱检测的毛干蛋白提取方法,包括:向样本中加入增溶溶液,并进行超声处理,超声处理采用的超声处理装置包括换能器以及超声发生器,换能器第一端连接超声发生器,换能器远离第一端的相对端包括一个或多个超声发生槽,将样本与增溶溶液的混合物直接置入超声发生槽,以进行超声处理;样本蛋白质混合物中加入沉淀溶液,以沉淀蛋白质,加入增溶溶液复溶蛋白质沉淀;向混合物中加入酶,以酶切蛋白质,获得肽混合物。通过本发明的提取方法对样本进行高效的蛋白质提取,然后采用质谱仪进行高灵敏度蛋白质组学检测,获得质谱数据,可以进一步用于SNP位点检测和个体鉴定,可以有效克服采用毛干作为样品进行个体鉴定的问题。