本发明涉及分子遗传育种技术领域,具体涉及一种用于毛花猕猴桃雌雄性别鉴定的SSR分子标记AerM01及其应用,SSR分子标记AerM01引物的序列如SEQ.ID No1和SEQ.ID No2所示,扩增得到的雄株特异片段核苷酸序列如SEQ.ID No3所示;本发明直接利用已经发表的基因组进行差异序列的比较,省去了构建猕猴桃杂交群体的工作,具有快速、简便、低成本的优点,而且该方法可以扩展到任何群体,具有普适性;这种SSR分子标记AerM01主要针对毛花猕猴桃群体,SSR分子标记AerM01具有特异性。