本发明适用于生物技术领域,提供了一种通过诱发嘧啶或嘌呤发生质子转移改变其配对性质进行基因治疗的方法,包括如下步骤:步骤S100:构建经典嘧啶或嘌呤以及嘧啶嘌呤复合物的分子结构理论模型;步骤S200:通过替换经典嘧啶或嘌呤上的原子或基团形成多个新的嘧啶或嘌呤类似物分子结构;步骤S300:计算各个新分子与嘧啶或嘌呤相互作用并发生质子转移的多个物理化学参数;S400:评估各项参数,筛选出可诱发嘧啶或嘌呤发生质子转移的候选分子;S500:候选分子作为核心原材料合成为药物分子,用于单碱基突变基因治疗或其他用途;本发明在设计和筛选出可诱发胸腺嘧啶、胞嘧啶、尿嘧啶、腺嘌呤和鸟嘌呤发生质子转移并改变其配对性质的分子,用于基因治疗等领域。