本发明提出了一种自动化数据处理以及作图方法及系统,包括:步骤S1,采用计算机编程语言对数据的自动化处理预设逻辑,包括:(1)根据预设的CNV变异类型拆分数据;(2)获取注释文件,所述注释文件中记载有待处理的目标数据,对注释文件中目标数据的归一化值z得分大于第一预设值的绝对值,自定义致病性风险的变异;(3)获取注释文件,所述注释文件中记载有待处理的目标数据,对注释文件中目标数据的拷贝数CopyNum小于等于第二预设值,自定义致病性风险的变异;(4)删除预设列名的列;(5)根据染色体对文件进行拆分:为匹配R程序将重复变异类型和缺失变异类型分别按照染色体进行拆分,并分别命名;步骤S2,自动化绘制svg格式的矢量图和pdf图。