本申请提供了一种药物-靶标相互作用的预测方法、装置、设备和存储介质。方法包括:获取训练数据集,所述训练数据集包括:靶标对象的蛋白序列和药物对象的化学结构,以及所述靶标对象和所述药物对象两者之间的相互作用关系;提取所述靶标对象的蛋白序列的靶标特征和所述药物对象的化学结构的药物特征;对所述靶标特征和所述药物特征进行特征选择;将选择后的靶标特征和药物特征进行特征融合;基于融合后的靶标特征和药物特征,构建用于预测药物-靶标相互作用强弱顺序的排序模型;获取待预测靶标对象和待预测药物对象;基于所述排序模型,预测所述待预测靶标对象和所述待预测药物对象的亲和力。能够预测靶标对象和药物对象的亲和力。