本发明属于壳寡糖生产技术领域,具体公开了一种膜分离工艺制备壳寡糖的方法,具体包括如下步骤:S1、选取适量动物外壳原料,洗净,其中动物外壳包括虾壳、蟹壳,应选取甲壳素含量较高的动物外壳作为原料;S2、对动物外壳原料进行脱钙、脱蛋白、脱乙酰基处理;S3、对经步骤S2处理的原料进行酶解处理,得到原液;S4、将原液导入超滤膜系统,进行超滤膜过滤处理,得到处理液;S5、将处理液导入纳滤膜系统,进行纳滤膜过滤,得到浓缩液和清液,清液导入反渗透膜系统进一步过滤后,回收利用;S6、对步骤S5处理得到的浓缩液进行干燥处理;本发明整体流程简单,成本低,生产效率高,通过超滤膜和纳滤膜对原液进行过滤,系统稳定性好,产品纯度高。