本发明公开一种编辑水稻巨胚基因GE培育巨胚粳稻品种的方法。本发明通过CRISPR-Cas9多靶点系统对控制水稻胚大小的GE巨胚基因进行定点编辑,并进行粳稻遗传转化获得巨胚转基因植株,对后代进行转基因插入片段的检测,可以缩短育种周期快速获得多种无转基因片段插入的大小种胚的粳稻品种,每种不一样种胚大小的ge基因型突变株其糙米含有的GABA含量也有差异,并且随着胚的增大GABA含量也同时增加,不同大小胚重的水稻品种可以满足提取不同含量的GABA,以满足不同消费群体的需求。因此,本发明可为不同GABA含量需求的生产应用提供一种高效的基因敲除方法和培育多个巨胚粳稻品种的方法。