本发明提供了一种C端带有表位标签M的表达载体及其构建方法与应用,首先构建C端带有表位标签M的真核表达载体;将所述C端融合有所述表位标签的真核表达载体与编码目标蛋白的核苷酸序列进行重组,获得重组表达载体;将所述重组表达载体在所述真核生物中进行表达;以M作为标签进行蛋白免疫印迹实验、或/和免疫沉淀实验或/和、免疫荧光实验或/和流式细胞术实验;本发明构建的表达载体pQFC-M,pQFC-M-3,通过蛋白免疫印迹检测发现,M标签序列能够被特异性识别来表征融合蛋白的表达。构建的带有M标签的表达载体为哺乳动物蛋白表达领域提供了一种新型的通用融合标签载体资源,丰富了国内的表位标签资源。