本发明提供了一种基于深度学习的染色体极性识别方法,所述方法包括(1)收集数据集,(2)构建训练集和测试集,(3)基于训练集对染色体极性识别模型进行学习训练,(4)将测试集输入到染色体极性识别模型进行测试,输出待预测染色体的极性结果。本发明还提供了一种基于深度学习的染色体极性识别系统。本发明提供的方法和系统基于深度学习分类算法,能够准确地判断当前染色体极性类别,并据此完成染色体极性调整,使得染色体均保持短臂朝上的状态。所述方法和系统染色体极性识别准确率达96.36%,而且数据来源简单,染色体分析自动化程度高,流程更加简洁,具有广泛的工业实用性。