本发明提供了一种卫星Ka扩频应答机测距零值标定方法和系统,包括:设置Ka上下变频器的频率,设置测控基带设备的上下行测距信号,在测控基带解调后计算相应任务模式的测距值R1;将星上Ka应答机的上下行射频电缆通过混频器将上行测距信号和信号源连接,在信号源上设置上下行信号频率差值,通过混频器将上下行信号频率统一,通过测控基带设备测出标校模式的测距值R2;将任务模式的测距值R1减去标校模式的测距值R2,得到Ka应答机测距零值。本发明能够完成上下频率较大且地面上下变频器不能频率统一的卫星Ka应答机的测距零值标校,其测试结果有效为在轨测试应用提供依据。