本发明涉及地下水监测技术领域,具体涉及一种地下水巢束式分层监测井系统,多个监测管的端部位于同一表面,且多个监测管的长度不同,每个监测管的底部对应相应的含水层;沿定位管的周向设有多个凹陷部,凹陷部的个数与监测管的个数相对应,凹陷部适于监测管的嵌入。该监测管和定位管之间紧密连接成束式井管,保证了各监测管和定位管的整体强度,进而保证了各监测管与定位管间的止水效果,提高了监测井的整体强度和使用寿命。由于该监测井只需要一次钻孔,则可以使每个监测管和定位管分别对应多个含水层进行监测,工艺简单,提高了施工效率及成井质量,减少了钻孔施工的数量,节约了建造和管理成本,便于大规模应用推广。