本发明提供了一种毛霉菌分型检测的引物探针组合及其应用,所述毛霉菌分型检测的引物探针组合包括扩增并检测根霉属的引物对和探针、扩增并检测毛霉属的引物对和探针、扩增并检测犁头霉属的引物对和探针、扩增并检测根毛霉属的引物对和探针、扩增并检测小克银汉霉属的引物对和探针中的任意一种或至少两种的组合;所述毛霉菌分型检测的引物探针组合的检测位点位于28SrRNA序列区域和/或ITS2rRNA序列区域。本发明还提供了一种毛霉菌分型检测的试剂盒及其以非疾病诊断和/或治疗为目的的使用方法以及一种毛霉菌分型检测的装置。所述引物探针组合具有良好的特异性与灵敏度,检测结果准确,应用价值极高。