本发明公开一种肠道真菌Candida metapsilosis M2006B及其应用,涉及微生物领域;所述Candida metapsilosis M2006B的菌种保藏号为GDMCC 61628;本发明进一步结合炎性肠病动物模型评价Candida metapsilosis M2006B的生物活性发现,Candidametapsilosis M2006B能够通过抑制结肠病变,抑制结肠缩短,下调IL-1β、IL-6、TNF-α、INF-γ等炎症因子表达,对炎性肠病进行预防或治疗;本发明不仅明确了该菌在炎性肠病中的重要作用,还揭示了该菌在炎性肠病防治中的广阔应用前景。