本发明提出了一种基于FPGA的数组排序方法、系统及数据压缩方法。方法应用于FPGA数据压缩中,包括:获取待排序数组,待排序数组中的数据按照初始顺序排列,按照初始顺序对数据进行编号,获取初始序号;按照初始顺序从待排序数组中依次选取数据作为第一数据,比较第一数据与待排序数组中的数据的大小,通过标志位记录比较结果,将第一数据的标志位数值相加得到最终序号,最终序号即为第一数据在待排序数组中按升序排序的位置序号。本发明提供的基于FPGA的数组排序方法,只需将数组遍历一次即可完成数组的排序,且时间复杂度不受数据集影响,每一次排序的时间复杂度固定为O=n,解决了现有排序算法排序时间长、排序耗时不固定的问题。