本发明提供了一种抑制FOXO1基因表达的特异性siRNA(siFX1)序列及其应用。此特异性siRNA的序列如下:siFX1-s(正义链):5’-GCGCCGACUUCAUGAGCAA dTdT-3’;siFX1-as(反义链):5’-UUGCUCAUGAAGUCGGCGC dTdT-3’。本发明提供的抑制FOXO1基因表达的特异性siRNA具有极强的特异性,不存在脱靶效应,且具有更强的抑制、敲降效应;同时,siFX1几乎对细胞形态和生长没有什么影响,因此,该序列在有关FOXO1基因的研究,特别是在腺泡型横纹肌肉瘤以及含有FOXO1融合基因的细胞或疾病的基础研究中具有重要的应用价值;此外,根据序列比对分析,该siFX1序列同样适用于人源之外的其它包括猕猴、猩猩等灵长类动物中有关FOXO1基因转录表达的基础研究。