本发明公开了一种基于棘突蛋白基因修饰干细胞的新型冠状病毒疫苗、其制备方法及应用。所述疫苗的活性成分为三聚体形式的棘突蛋白基因修饰的间充质干细胞,用于表达棘突蛋白的核苷酸序列具有SEQ ID NO:2所示序列。所述制备方法包括:构建表达棘突蛋白的腺病毒载体、制备棘突蛋白重组腺病毒颗粒、纯化富集腺病毒颗粒、获取间充质干细胞、获取棘突蛋白编码基因修饰的人脐带间充质干细胞。本发明的疫苗通过棘突蛋白的基因重组型间充质干细胞表达棘突蛋白来启动人体针对新型冠状病毒的免疫反应,产生病毒中和性抗体,从而避免病毒对人体的感染,安全、可靠、有效,具有良好的应用前景,为新型冠状病毒的预防提供了全新的选择。