本发明提供一种提纯低载量病原体中核酸的方法,包括:步骤1,将病原体溶液进行裂解,之后导入微流控芯片中;步骤2,将特异性磁珠颗粒导入微流控芯片中,形成芯片内磁珠塞;步骤3,裂解的病原体溶液与特异性磁珠颗粒结合;步骤4,采用洗涤液对结合后的磁珠-核酸进行多次洗涤,去除磁珠周围的样本杂质;步骤5,对结合后的磁珠-核酸进行洗脱工作,收集洗脱液,在洗脱液中进行磁珠-核酸解吸附过程,去除磁珠并纯化核酸样本液,收集洗脱液,得到纯化后的核酸样本。本发明将提纯核酸所需的磁珠移植于微流控芯片中,通过外围机械结构实现低载量病原体样本自动化核酸处理纯化,提高核酸提取效率,稳定性好,且能够避免交叉污染。