本发明公开了一种基于作用模式的人类发育毒性预测的方法,属于化学品的人类发育毒性虚拟筛选与活性预测领域。包括构建化合物活性数据集,基于人类发育毒性作用模式,选取了有害结局路径,收集了有害结局路径信号通路上的研究事件及其活性数据;并基于所述数据集构建第一预测模型;然后利用若干种具有体内实验数据的化合物,以及利用所述第一预测模型对具有体内实验数据的化合物进行预测的预测结果,利用朴素贝叶斯算法训练得到第二预测模型;将待测化合物输入到所述第一预测模型中进行定性预测,并将定性预测结果输入所述第二预测模型,完成对化学品的人类发育毒性进行预测。本发明可以对潜在基于作用模式的人类发育毒性化学品进行高通量筛查。