本发明将金属纳米粒子探针与靶蛋白或靶蛋白结合受体蛋白偶联,加入事先制备好的DNA编码化合物库中孵育进行分子垂钓,通过PCR扩增与DNA测序获得靶向药物信息。然后,分别制备金属纳米粒子探针和磁珠探针并与拉曼信号分子耦联,再将金属纳米粒子探针或磁珠探针分别与靶蛋白或靶蛋白结合受体蛋白耦联,加入到筛选获得的靶向药物中检测拉曼信号,判断所述待筛选化合物是否为靶向抑制剂,通过对PCR扩增及DNA测序获得筛选化合物的结构。本发明首次将分子垂钓与DNA编码化合物库相结合,在蛋白互作水平上进行药物筛选,并结合表面增强的拉曼散射光谱,形成简单灵敏的新药筛选方法。