本发明公开了一种ALG1-CDG、PMM2-CDG生物标记物的合成方法及其应用,本发明涉及ALG1-CDG、PMM2-CDG生物标记物(唾液酸-半乳糖-两个N-乙酰氨基葡萄糖:Sia-Gal-Gn2)体外化学酶合成方法以及将其连接到载体蛋白上提高其免疫原性的制备方法。本发明进一步涉及所述抗体在对ALG1-CDG、PMM2-CDG两种先天性糖激化缺陷(CDG)临床检测中的用途,与传统基因组学测序、糖组学分析以及高通量筛选等临床检测方法相比,通过抗体与血清中生物标记物的特异性结合可以更快,更便捷,更节约的做出诊断。