本发明属于微生物和生物技术领域,具体涉及一种微生物的复配菌剂及在当归抗病增产提质中的应用。所述复合微生物菌剂由荧光假单胞菌、产碱假单胞菌和嗜冷假单胞菌复配而成;具有ACC脱氨酶活性、SOD活性、POD活性、NEX中性木聚糖酶活性、几丁质酶活性、漆酶活性;能够促进当归地下部分药用器官根的生长,增加了芦头直径、芦头长、主根长、平均单株重,不仅增产而且提升了商品当归外观性状;能够提高当归标志性成分阿魏酸、Z-藁本内酯、洋川芎内酯A含量,內源茉莉酸、水杨酸等,能够显著提高当归的品质,可用于制备当归专用微生物肥料;能够防治镰刀菌属病原真菌引起的植物病害,可用于制备防治植物病害的农药。