本发明公开了一种制备薄层色谱的点样笔及其应用。该点样笔包括:吸液头、储液腔、点样笔头及填充笔芯;吸液头与储液腔连接,储液腔与点样笔头可拆卸连接,填充笔芯位于点样笔头内。应用本发明时,通过挤压吸液头使其发生弹性形变,将储液腔的底部插入待分离制备的样品溶液中;停止挤压,吸液头恢复原形使储液腔吸取到样品溶液;将储液腔与点样笔头连接,打开吸液头顶部的气阀塞,内外气压平衡后使待分离的样品溶液浸透至笔芯中,通过填充笔芯施加到制备薄层色谱所需的位置上,完成上样。该点样笔不仅克服了使用常规玻璃毛细管点样次数多、时间长等弊端,而且还解决了玻璃毛细管多次重复点样而造成的薄层表面破损以及上样不均匀等问题。