本发明涉及一种柴油发动机电控风扇控制器及其控制方法,包括风扇控制器和风扇,所述风扇控制器设置有若干个开关量输入端,不同开关量输入端分别对应风扇的不同运行档位;所述风扇的运行档位包括除尘档、空转档和若干不同强度的风冷档;风扇控制器通过检测是否有开关量输入决定是进入开关量控制模式或自动控制模式或ECU指令控制模式或温度控制模式。本发明能够针对不同类型的柴油发动机,采用不同的风扇控制模式,能够根据柴油发动机的温度,自动除尘或精确控制风量,该方法能有效控制发动机温度,安全、节能环保,操作简单、安装方便。