本发明公开了一种防水光伏玻璃天窗系统,包括有基架,基架上固定有固定扇,固定扇转动配合有若干活动扇,活动扇的外表面固定有光伏玻璃面板,固定扇上设置有第一排水腔、第二排水腔、第三排水腔以及蒸发腔,第二排水腔、第三排水腔以及蒸发腔呈品字形分布,第一排水腔的底部外侧设置有第一排水孔,第二排水腔的底部设置有与第三排水腔相通的第二排水孔,第三排水腔的底部外侧设置有第三排水孔;活动扇的端部设置有第一密封件,固定扇上设置有与第一密封件相配合的第二密封件,第一排水腔和第二排水腔之间设置有第三密封件,第二排水腔与蒸发腔之间设置有第四密封件。本发明的优点在于:结构合理,能够大大提高防水性能。