本发明提供一种磁性微纳米机器人及其制备方法和应用。所述制备方法包括如下步骤:在第一基片上形成电子束光刻胶层,经曝光和显影后将掩模板上的图案转移到所述光刻胶层上,得到第一微纳米机器人硬模板;用软质倒模材料对得到的第一微纳米机器人硬模板进行倒模,得到微纳米机器人软模板;在第二基片上形成硬质胶层,然后采用纳米压印的方法将所述微纳米机器人软模板上的图形转移到所述硬质胶层上,得到第二微纳米机器人硬模板;在第二微纳米机器人硬模板上形成磁性材料层和生物相容材料层,超声,得到磁性微纳米机器人。相比于现有的激光直写方法,本发明的制备方法成本更低,制备效率更高,且软模版可以多次重复利用,可大批量制备微纳米机器人。