本发明公开了一种工业主板外置监控保护方法及其系统,属于计算机技术领域,获取工业主板的温度数据,计算出低电平PROCHOT#信号的保持时间T的值,当温度降低到安全阈值时,根据保持时间T来延迟输出低电平PROCHOT#信号,延迟结束后,将PROCHOT#信号置位为高电平,解决了通过动态调节CPU的睿频时间,从而调节CPU温度的技术问题,本发明不占用NCT6106D芯片的LPC接口,采用NCT6106D芯片所空闲的I2C接口来读取温度数据,减小了通信负载,本发明采用外置监控保护,可靠性更高,延长主板使用寿命,本发明通过计算保持时间T的函数变化值,从而动态调节CPU的睿频时间,对CPU的睿频控制更准确,延长了CPU的使用寿命。