一种带电粒子束处理工件的方法,包括:将工件放置在真空室中;将气体引向感兴趣的区域,该气体在不反应的情况下吸附到工件的表面;将非反应性簇的束引向真空室中的感兴趣区域,该束将能量沉积到感兴趣区域中,以引起感兴趣区域中的吸附气体分解,吸附气体分解形成挥发性化合物和沉积在表面的非挥发性化合物;在相同的真空室中将束缚的粒子束引向工件上沉积材料的区域以加工该工件;将原子或分子簇的束引导向所述工件上的感兴趣区域包括引导包括碳,金,铋或氙的簇束、C-(60),C-(70),C-(80),C-(84),Au-3,Bi-3或Xe-(40)的簇束。