本发明涉及农业污染拦截设施,公开一种农业面源污染生态拦截系统,包括农业沟渠,农业沟渠输出端安装有布水渠;还包括插入到河岸坡道上的松木桩,松木桩与河岸坡道形成河道沟渠,河道沟渠安放有渗水布,渗水布至上而下分别填充有回填土层、骨料层,骨料层的下方安装有集水管,集水管端部连通有蓄水池,蓄水池内安装有液位测量仪和水泵;回填土层上种植有水生植物层,布水渠设置在回填土层上,面向水生植物层的布水渠的侧壁上设有布水孔。本生态拦截系统采用多级拦截过滤农田水,农田水被过滤后还能够被回收利用,提高水资源的利用率,集水管能够收集过滤后的农田水并输送到蓄水池中,蓄水池能够通过水泵将其内的过滤水输送给农田进行二次灌溉。