一种快速提取生物核酸和/或蛋白质的样品处理方法
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技术领域
】本发明属于生物工程
技术领域
,具体地涉及一种生物RNA或蛋白质或DNA、RNA和蛋白质三者中任意共提的快速提取样品的处理方法、提取试剂盒及提取装置。【
背景技术
】随着基因组测序技术的发展,生物基因组的序列、结构和功能研究飞速发展,而获得高纯度、高含量和高完整度的生物基因组DNA是基因组测序技术得以应用的首要前提。随着生物学的发展,基因的转录产的RNA和RNA的翻译后产物蛋白质的研究也越来越受到研究者们的青睐。
越来越多的DNA、RNA和蛋白质以及三者共提的提取方法被开发出来。具体来说,传统的生物基因组DNA提取方法主要有CTAB和SDS法,常见的生物RNA提取方法主要有Trizol法、硫氰酸胍/酚法、SDS/酚法、盐酸胍法等。一些变性蛋白质和非变性蛋白质的一些配方也被开发出来。
对于DNA、RNA和蛋白质提取的质和量不仅与提取它们的配方有关还与生物样品的处理方式和/或处理方法有关。于是一些生物样品的处理方法不断的涌现出来,如:机械方法,包括高速组织捣碎机、玻璃匀浆器等;物理方法,包括反复冻融法、冷热变替法、超声波法、加压破碎法等;化学及生物学法,包括有机溶剂提取法,水溶液提取法和酶法等。
被实验室广泛应用的方式和方法主要有机械法、酶法和液氮研磨法。各种方法各有其优缺点。机械法的优点:效率高,有利于自动化;其缺点:成本高。酶法:效率高,比较省事;其缺点:成本高而且酶容易失活等。传统的液氮研磨方法优点:成本低;缺点:效率低,不易研碎和提取产物量低等,具体来说,传统液氮研磨方法要求生物样品要在液氮的保护下研磨,由于液氮是液体而会流动,在研磨的过程中,生物样品会随着液氮的流动而运动,不易被研碎。
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发明内容
】本发明的目的在于克服上述现有技术中存在的不足,提供一种能够快速提取生物RNA、蛋白质及DNA、RNA和蛋白质三者中任意共提的样品处理方法、提取试剂盒及提取装置。
为了实现上述目的,一种优选方案,选用一种制冷的液化气体,在气化的过程中吸收大量的热,使周围环境短时间内急速降温,提供短时间内的低温冷冻环境。从安全性、成本价格和易获得性综合考虑,优先选择液氮作为制冷气体。本发明提供一种新的液氮研磨方法——液氮冷冻干燥研磨法。该方法利用传统液氮研磨法的优点:制冷作用,可以防止发生化学反应,更具体的说是防止待提取物的降解反应,而保持待提取物的完整性;同时,也避免了传统研磨方法的缺点:生物样品随着液氮流动而流动。当然在液氮保护下也可以把生物样品捣碎或研磨。在冷冻干燥后,生物样品可以被直接研磨,这样使研磨过程变得简单,而且易于操作可以缩短研磨时间,同时,研磨的生物样品颗粒达到非常细小的状态。
从理论上来说,首先,在0℃以下,研碎的生物样品处于固体状态,固体之间发生化学反应包括降解反应的速率是非常小的。其次,根据范特霍夫规则:反应温度每升高10K,其反应速率变为原来的2~4倍;反之,温度每下降10K,其反应速率变为原来的1/4~1/2倍。在实际操作中,整个研磨过程大约3~5分钟就可以完成,降解反应的时间很短。综合上面3 个因素,生物样品中待提取物发生的降解反应可以忽略。
在冷冻干燥条件下,生物样品被研磨成非常细小的粉末。这可以极大增加待提取物与提取液的接触面积,使得待提取物容易进入提取液,因此可以缩短提取时间和增加待提取物的量。更准确的说待提取物为RNA、DNA和/或蛋白质。
为了证实上述实施方法的可行性,测定了,在室温约22℃时,研钵被液氮彻底冷却后,温度随时间变化关系。由图1可见,在前5分钟的范围之内,研钵壁附近的温度非常的低,从而使待提取物的降解反应的速率可以忽略不计。即使在研磨生物样品的时候,会产生少量的热量,也可根据实际情况,再添加液氮而使温度继续降低。因此,本发明实施方法是可行的。
作为一种优选方法,加入液氮的次数在一次或一次以上,一尤其优选次数在1~5次之间,更优选次数在2~3次最佳。
具体实施本发明的方案,选择一套研磨装置,优选地选择常见但不限于的研钵装置。
液氮和生物样品可以同时加入研钵,可以先加液氮后加生物样品,也可以先加生物样品后加液氮,使得研钵和生物样品冷却,在液氮干燥后开始研磨,把生物样品研磨成粉末状态。还可以通过一次以上添加液氮的方法,继续研磨生物样品,使粉末的颗粒变得更加细小。
对于含水量较高的生物样品,如植物组织,可以直接液氮冷冻干燥研磨成颗粒细小的粉末。也可以通过加入少许含有提取物抑制剂的溶液和植物组织一起研磨。通常,对于含水量高的生物样品来说,可以直接采用液氮冷冻干燥法研磨。
对于含水量不高的生物样品,如动物组织和细胞等,可以直接冷冻干燥研磨,也可以通过加入适量体积液体,尤其是含有防止待提取物降解的抑制剂溶液和含水量低的生物样品一起研磨。加入含有提取物抑制剂的溶液的作用,如下:1、防止待提取物降解;2、形成冰晶有利于含水量低的生物样品破碎;3、有利于被研碎后的生物样品分散到加入溶液形成的粉末内。更具体的来说涉及到DNA提取时,需要加入螯合剂或螯合剂的混合物,螯合剂为本领域技术人员所熟知的,包括但不限于N-乙酰-L-半胱氨酸、乙二胺四乙酸(EDTA)、二亚乙基三胺五乙酸(DTPA)、乙二胺-N,N’-二琥珀酸(EDDS)、1,2-双(邻氨基苯氧基)乙烷-N,N,N’,N ’-四乙酸(BAPTA)和膦酸盐螯合剂(例如包括但不限于次氮基三(亚甲基)膦酸(NTMP)、乙二胺四(亚甲基膦酸)(EDTMP)、二亚乙基三胺五(亚甲基)膦酸(DTPMP)、1-羟基亚乙基-1,1-二膦酸(HEDP)等)。在一些实施方案中,螯合剂包含EDTA或DTAP。在一些实施方案中,常用EDTA 水溶液。
更具体来说涉及到RNA提取时,加入一些还原剂和或RNase A的抑制剂或RNA抑制剂的混合物,如:包括但不限于美国专利第6825340号说明书或美国专利第677720号说明书中公开的一些还原剂。在一些实施方案中,常用的RNase A抑制剂为焦碳酸二乙酯(DEPC)。
更具体来说涉及到蛋白质提取时,加入一些蛋白酶抑制剂或蛋白酶抑制剂的混合物,如:包括但不限于苯甲基磺酰氟(PMSF)、乙二胺四乙酸(EDTA)、胃蛋白酶抑制剂(pepstantin)、亮抑蛋白酶肽(leupeptin)、胰蛋白酶抑制剂(aprotinin)、奈非那韦、沙奎邦韦、茚地那韦、安泼那韦、利托那韦、洛匹那韦及复合制剂、氟化钠、原矾酸钠、甘油酸钠、焦磷酸钠等。在一些实施方案中,常用PMSF水溶液。
作为一种优选方案,加入待提取物的抑制剂浓度≥0;一尤其优选抑制剂浓度,一般为正常推荐工作浓度的0.1倍~200倍之间;更优选抑制剂浓度为1倍~2倍之间。具体来说,DNase I抑制剂为20mM EDTA;RNase A抑制剂浓度为0.2%DEPC水溶液;蛋白酶抑制剂浓度为50ug/ml PMSF。
作为一种优选方案,加入包含待提取物抑制剂溶液的体积≥0ul;一尤其优选抑制剂溶液体积在10ul~1000ul;一更优选抑制剂溶液体积20ul~200ul;更具体来说,抑制剂溶液体积为80ul/微柱。
通过上述操作,生物样品在约5分钟可以完成研磨。
所述记载前述生物样品处理方法的载体,典型地为纸质说明书,也可以是记载所述方法的电子版说明书的任意载体(包括但不限于可移动磁盘、光盘、电子墨水屏幕、网络资源及其地址等),只要能通过读取该载体而获知该方法,则均在本概念范围内。
本发明在另一方面提供一种计算机可读载体,其记载包含用于实施前述生物组织DNA的样品处理方法的计算机程序。所述计算机作广义理解,包括但不限于单片机、PLC、单板机、工控机、PC机等形式。所述计算机可读载体包括但不限于Flash、EEPROM、磁盘(软盘或硬盘)、光盘等任何形式。所述计算机程序可以是任意语言编写的,例如汇编、JAVA、VB、VC、C++、Python,只要能够控制相关系统实施所述方法即可。
发明人在对生物组织DNA提取的样品处理方法的研究中惊讶地发现,生物样品经过液氮冷冻干燥法研磨处理后,组织样品的颗粒达到非常小的程度,使颗粒接触提取液的表面积增加很多,让待提取物:RNA、DNA和蛋白质快速进入提取液,极大缩短提取时间,同时还增加待提取物的量。还可以把传统RNA或蛋白质或DNA、RNA和蛋白质三者中任意共提的试剂盒改变成室温快速提取试剂盒。
本发明提出一种生物样品RNA或蛋白质或DNA、RNA和蛋白质三者中任意共提的快速提取样品的处理方法、提取试剂盒和提取装置,至少能产生如下有益效果:1、操作简单;2、极大缩短提取时间,提高工作效率;3、提高待提取物的质和量;4、改良传统试剂盒。
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附图说明
】图1是研磨体系预冷后的时温曲线图;
图2是绿萝叶片和小鼠肝脏经过液氮冷冻干燥法研磨后的照片;
图3是冷冻干燥研磨和处理的小鼠肝脏离心前后的对比照片;
图4液氮冷冻干燥法研磨小鼠肝脏提取RNA结果凝胶电泳图;
图5液氮冷冻干燥法处理绿萝叶片提取RNA结果凝胶电泳图;
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具体实施方式
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下面结合附图和具体实施例对本发明作进一步描述,这些描述仅用于帮助理解本发明。
实施例1——测量彻底冷却后的研钵温度随时间变化图
在室温22℃,把研钵用液氮彻底冷却,液氮刚开始干燥时,开始每分钟记录一次研钵温度,时间为横坐标,温度为纵坐标,绘制而成的时温曲线图(图1)。一般在约5分钟可以把生物样品研磨到极细小的粉末状态。同时,为了取得更好的研磨效果,还会添加液氮,所以整个研磨过程都是在很低温度下进行的。和/或有的生物样品还会加入待提取物抑制剂的溶液、固体间化学反应速率非常小、低温也可以降低化学反应,另外,整个研磨过程时间也很短约5分钟,所以,待提取物包括DNA、RNA和蛋白质不会被降解而保持完整状态。
实施例2——小鼠肝脏RNA提取
如前所述,取约22.3mg小鼠肝脏组织,放入研钵并加入适量的液氮,等液氮干燥后,开始加入80ul 0.2%DEPC H2O溶液到小鼠肝脏组织上,等液体快要凝固的时候,把快要凝固的液体和小鼠肝脏研磨成粉末。然后,继续加入液氮把粉末进一步研磨成极细小的粉末(见图 2右)。把粉末转入裂解液A(常温快速生物RNA提取试剂盒I(汉远化生医国际科技(北京) 有限公司)),被研碎的粉末和裂解液A形成比较均一的悬浊液,以12000rpm离心1分钟(见图3),可见被液氮冷冻干燥研磨法处理后的小鼠肝脏组织被研磨成极细小的粉末均匀分布在裂解液A中。整个RNA提取过程在10分钟内完成,用100ul洗脱液洗脱RNA。将结果在biaosharp上测定(表1),并通过凝胶电泳检测(图4)。可见,通过液氮冷冻干燥法可以快速提取小鼠肝脏RNA。
表2:提取小鼠肝脏RNA的质量
生物名称
小鼠肝脏
RNA浓度
337.9ng/ul
A260/A280
2.037
实施例3——对专利CN 105063018 A的改良
如前所述,取约100mg幼嫩的绿萝叶片,放入研钵并加入适量的液氮,在液氮中把绿萝叶片捣碎并研磨。液氮干燥后继续把绿萝叶片研磨成粉末,然后,继续加入液氮把粉末进一步研磨成极细小的粉末(见图2左)。把粉末转入600ul裂解液A(2%PVP40,2%十六烷基三甲基溴化铵(CTAB),200mM NaAc,2M NaCl,20mM EDTA)摇匀,加入300ul苯酚,摇匀。12000rpm离心1分钟,取上清,加入0.5倍的无水乙醇,转入RNA纯化柱内,12000rpm离心 30秒,清洗2次,最后洗脱。整个提取过程都是在室温的条件下完成的,用时约10分钟,用100ul洗脱液洗脱RNA。将结果在biaosharp上测定(表2),并通过凝胶电泳检测(图5)。可见,通过液氮冷冻干燥法可以把传统的试剂盒改良成常温快速提取RNA试剂盒。
表2:提取绿萝叶片RNA的质量
生物名称
绿萝叶片
RNA浓度
316.7ng/ul
A260/A280
2.058
由结果可见,本发明提供液氮冷冻干燥法处理样品可以快速提取生物样品RNA,采用属本领域常见的研磨装置,适用于多种生物组织的RNA提取,结果显示RNA浓度、纯度均比较高,可用于后续的分子生物学实验操作。更为突出的是,本方法操作简单,省时,高效,还可以把原来的试剂盒进行改良。另外,申请号或专利号:202011070133.8,也是通过冷冻干燥法处理生物样品,实现生物DNA的快速提取。由于真核生物DNA位于细胞核内,DNA都能被快速提取出来说明生物样品组织经过液氮冷冻干燥处理后,组织被破碎的很好。对于DNA、RNA和蛋白质之间任意两者或三者共提,可以采用对应的提取方法完成,在此,不再赘述。本发明所用试剂的来源:
尽管已经示出和描述了本发明的实施例,对于本领域的普通技术人员而言,可以理解在不脱离本发明的原理和结构的情况下可以对这些实施例进行多种变化、修改、组合、替换和变型,本发明的保护由所附权利要求及其等同范围限定。